Entre 1506 e 1570 a Casa da Índia gerenciou todo o monopólio da Coroa sobre o comércio imperial. Desde o século XV já se fazia menção aos negócios da Índia praticados na Casa da Guiné e Índia e que posteriormente também se conheceria por Casa da Índia e Mina, ou Guiné, Índia e Mina. A expansão do comércio oriental levou à criação da Casa da Índia, a qual diz respeito o Regimento das Casas da Índia e de Casa da Mina por d. Manuel, em 1509. Entre os dirigentes do órgão, destacou-se João de Barros, um dos mais importantes humanistas portugueses do século XVI, entre os anos 1532-1567, como assinala Ângela Barreto Xavier (The Casa da Índia and the Emergence of a Science of Administration in the Portuguese Empire. Journal of Early Modern History 22 (2018) 327-347). À Casa da Índia competia a entrada, arrecadação e arrematação das fazendas vindas da Índia e outros portos da Ásia: "nela eram despachadas fazendas da Índia, manufaturadas de cores das Alfândegas de Goa, Damão e Diu, com excepção das fazendas bordadas e lençaria de cor" (ANTT. Casa da Índia. História administrativa/Biográfica/Militar, disponível em https://digitarq.arquivos.pt/details?id=4687755 ). Os produtos naturais pagavam os direitos integrais estabelecidos na Casa da Índia a não ser que saíssem pela Alfândega de Goa, que os isentava de meios direitos, pagando, porém por inteiro, os do consulado, de saída e entrada. A abertura das mercadorias só era feita na presença de um oficial que as pesava e selava, de acordo com o estabelecido no Foral de 15 de outubro de 1587 e no Regimento de 2 de junho de 1703. A Casa dispunha de um provedor, cinco escrivães da Mesa Grande, um juiz da balança, um tesoureiro, um guarda-mor, um escrivão das cargas e descargas, dois feitores da Mesa de Abertura, um escrivão das Marcas, um administrador do selo, um porteiro, dois fiéis da tesouraria, um guarda do número, um meirinho do Juízo da Índia e Mina e um fiel da balança. Dispunha de dois tesoureiros: o do dinheiro e o das especiarias.